El proceso de su martirio, que abarca prácticamente un día, tiene varios escenarios en los que se ensañaron con él de la manera más cruel, humillante y degradante.
Detenido, y descubierto que era religioso, en tono de burla, le piden que les enseñe a decir misa, que rece el padrenuestro etc. etc.
Le obligan a subir a un vehículo. Durante el trayecto le hablan de modo inconveniente sobre mujeres y le invitan a blasfemar. Valientemente exclama: “Eso no, soy religioso y jamás”. Poco después detienen el coche y quieren asesinarle por ser religioso. Por temor a que puedan oírse los disparos por quien no deben oírlos, según ellos, vuelven al coche. En el trayecto le dicen: ¿No has ido nunca a una casa de…? Fernando: “Matadme si queréis, pero no me habléis de esas cosas”. Entonces detuvieron nuevamente el coche. Contra toda dignidad le despojaron brutalmente de su ropa provocándole a realizar acciones deshonestas de la manera más grosera… Fernando se opuso con toda la fuerza física- que era mucha- y gritando con toda su alma: “¡Matadme si queréis pero no me hagáis esto!”.
Luego le dijeron que en Cervera le llevarían a casas de prostitución. Y que si, ante ellos, consentía con las prostitutas, le perdonarían la vida. Pero Fernando prefería una muerte honrada a una vida de infidelidad. Respondía: “Matadme, si queréis, pero yo no haré nada de eso”. Lo llevaron, por la fuerza, primero a dos o tres prostíbulos de Cervera y después a dos más en Tárrega. En total fueron quince horas de provocaciones sexuales violentas durante las cuales el joven Fernando luchó con todas sus fuerzas. Horas de lucha titánica contra todo género de experiencias contrarias a la castidad. ¡Horas de escarnio y de horrible espectáculo público! Una de las personas que vio tales cosas cuentan que llegó a enloquecer. Fernando venció, superó, todas las pruebas, conservó la pureza. Exclamaba: “¡Virgen soy y virgen moriré!”. También repetía: “¡Matadme si queréis, pero no me forcéis a pecar!”.”¡Eso jamás!”. Hasta las mismas profesionales del sexo decían a los milicianos. “Dejadle en paz, si él no quiere, no le atormentéis de esa”. Y de los prostíbulos lo llevaron cerca de la puerta del cementerio de Tárrega (Lérida) donde le fusilaron. Al conocer estos hechos, el cardenal Vicente Enrique Tarancón, comentó: “el testimonio de Fernando Saperas Aluja es de un gran valor para la juventud. Él nos indica que las altas oleadas del mar del mundo y las acometidas del abismo nada pueden ante la pureza de nieve del corazón guardado por el amor de Dios”.
Beatificado el 22 de octubre en la Sagrada Familia de Barcelona